identifikasi farmakopor

Semua molekul obat memiliki aktivitas farmakologi akibat adanya interaksi stereoelektronik dengan suatu reseptor. Makro molekul reseptor mengenali susunan gugus fungsi tertentu dalam ruang 3d serta kerapatan elektronnya. Pengenalan tersebut merupakan interaksi  dari molekul obat terhadap reseptor. Interaksi ini berupa pengikatan nonkovalen. Kumpulan gugus pada molekul obat yang berinteraksi disebut  FARMAKOPOR.  ( Muchtaridi, et al., 2018)

Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan
untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon
biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya. (Podolyan dan George,2008)

“Jika ada senyawa-senyawa yang memiliki farmakofor yang sama, maka efek yang dihasilkan juga sama”.

Sehingga senyawa pemandu dapat diubah atau dimodifikasi gugus tertentu yang merupakan farmakopor namun sebelumnya harus diidentifikasi.  Contoh identifikasi farmakopor dapat dilihat pada gambar berikut :

Fungsi farmakofor:

1. Mendifinisikan gugus penting yang berikatan dengan reseptor

2. Menentukan struktur 3 dimensi dari suatu molekul

3. Untuk mengetahui komformasi aktif

4. Penting untuk desain Obat

5. Penting untuk menemukan obat baru.

 Proses pengembangan model farmakofor umumnya melibatkan langkah-langkah berikut:

1.    Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.

2.  Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.

3.    Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.

4.     Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.

5.   Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Muchtaridi., A. Yanuar.,S.Megantara dan H, purnomo. 2018. Kimia medisinal : Dasar – dasar dalam perancangan obat Edisi pertama. Jakarta : prenadamedia group.

Podolyan, Y and George,K. 2008. Common Pharmacophore Identification Using Frequent Clique Detection Algorithm. J. Comput.-Aided Mol. 1-13.

Finn,A.P.W., L.E. Kavraki., Latombe,C., R. MotwaniC., C. Shelton., S.Venkatasubramanian  and Yao, D. 1998. RAPID: Randomized pharmacophore identification for drug

Design. Journal Computational Geometry. 263-272. PII S0925-772 1(98)00008-X.

Pertanyaan :

1. Bagaimana cara identifikasi farmakofor ?

2. Apa hubungan antara konformasi aktif dengan struktur 3 dimensi  farmakofor ?

3. Contoh senyawa yang memiliki farmakofor yang sama dan efek yang sama ?

4. bagaimana cara menentukan letak farmakofor dalam suatu senyawa?