RAPID: Randomized Pharmacophore identification for drug design
Semua molekul obat memiliki
aktivitas farmakologi akibat adanya interaksi stereoelektronik dengan suatu
reseptor. Makro molekul reseptor mengenali susunan gugus fungsi tertentu dalam ruang
3d serta kerapatan elektronnya. Pengenalan tersebut merupakan interaksi dari molekul obat terhadap reseptor. Interaksi
ini berupa pengikatan nonkovalen. Kumpulan gugus pada molekul obat yang
berinteraksi disebut FARMAKOPOR ( Muchtaridi, et al., 2018).
Farmakofor adalah
susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan
respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya (Podolyan dan George,2008).
Metode
rapid (Randomized Pharmacopore identificationt) dalam desain penemuan obat
digunakan untuk mengatasi adanya masalah
dalam identifikasi farmakopor khususnya
dalam penemuan senyawa pemandu (lead compound). Karena adanya ikatan ligan
dengan reseptor menyebabkan satu ligan
dapat berinteraksi dengan reseptor lain yang sama, sehingga
dapat terbentuk satu atau lebih konformasi
geometris dalam masing-masing ligan. Molekul ligan sangat fleksibel dan dapat mengasumsikan
banyak konformasi berbeda yang berpotensi ganda sehingga banyak kemungkinan ligan berikatan
dengan salah satu farmakopor yang diinginkan
(Finn, et al.,1998).
Hal ini ditunjukkan sebagai berikut:
Pada gambar diatas, ligan ini disebut 1TMN merupakan salah satu dari beberapa inhibitor protease
thermolysin. Gambar 1 (a) menunjukkan model pengisian ruang fi dari 1TMN. Dalam model ini gaya Van derWalls dianggap di
sekitar masing-masing atom pusat. Gambar 1 (b) menunjukkan model tongkat yang sesuai di mana hanya ikatan kimia yang terjadi. Derajat kebebasan ligan
termasuk panjang ikatan, sudut ikatan (sudut antara dua obligasi berturut-turut), dan
sudut dihedral atau torsi (sudut yang dibentuk oleh pertama dan ketiga dari tiga obligat berturut-turut, dilihat sepanjang sumbu ikatan kedua). Dalam
prakteknya, hanya derajat torsi yang dianggap bebas karena
menunjukkan variasi yang besar terhadap
nilai yang diberikan. Gambar 1 (c) menunjukkan konformasi 1TMN dari Gambar 1
(a) sebagai satu poin utama di Titik-titik
ini dapat mewakili pusat atom atau sekelompok atom untuk satu titik dengan
fitur umum untuk seluruh atom (misalnya,
cincin benzena yang kaku). Diasumsikan bahwa sekali konformasi terjadi, secara otomatis dapat mengubah satu poin masing kelompok.
Dalam metode RAPID, kumpulan
ligan diperlakukan sebagai proses untuk mengatasi
dua masalah berikut :
- Pencarian konformasi
- Perbedaan identifikasi
Langkah
langkah dalam merancang obat dapat dijelaskan sebagai berikut :
- Mencari senyawa penuntun (lead compound), yaitu senyawa yang digunakan sebagai awal
- merancang obat baru, biasanya memiliki kelemahan seperti aktivitas lemah dan toksisitas besar.
- Modifikasi molekul
- Merumuskan hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas biologisnya (HKSA).
- Merancang senyawa yang menurut HKSA dari persamaan statistika lebih baik aktivitas dan kestabilannya
- Mensintesis senyawa rancangan dan mengukur aktivitasnya dalam laboratorium
- Merancang dosis, uji klinis hingga merancang formula.
DAFTAR PUSTAKA
Muchtaridi., A. Yanuar.,S.Megantara dan H, purnomo. 2018. Kimia
medisinal : Dasar – dasar dalam perancangan obat Edisi pertama. Jakarta : Prenadamedia group.
Podolyan, Y and George,K. 2008. Common
Pharmacophore Identification Using Frequent Clique Detection Algorithm. J.
Comput.-Aided Mol. 1-13.
Finn,A.P.W., L.E. Kavraki., Latombe,C., R. MotwaniC., C. Shelton., S.Venkatasubramanian
and Yao, D. 1998. RAPID: Randomized pharmacophore identification for drug
Design. Journal Computational Geometry. 263-272. PII S0925-772
1(98)00008-X.
Pertanyaan :
1.
Bagaimana cara identifikasi farmakofor ?
2. Apa hubungan antara konformasi aktif dengan
struktur 3 dimensi farmakofor ?
3.
Contoh
senyawa yang memiliki farmakofor yang sama dan efek yang sama ?
4.
bagaimana
cara menentukan letak farmakofor dalam suatu senyawa?
5. Apakah
ada metode lain yang digunakan dalam penentuan desain suatu obat?
Sangat bermafaat
BalasHapusSip,tambahkan lagi artikelnya
BalasHapusJelaskan ikatan kimia yang terjadi ketika farmakofor suatu obat menempati site target?
BalasHapusOke saya akan mencoba menjawab ..ikatan yang mungkin terjadi diantaranya Ikatan Van Der Waal’s
HapusIkatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
Baik saya sangat setuju dengan lexsa , tambahan ikatan lainnya yaitu Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
HapusDalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi dari pada asam florida.
Dibandingkan dengan ikatan lainny, mana ikatan yang lebih baik?
HapusHayyy saya mau menanggapi dimana menemukan gugus farmakofor penting (gugus fungsi), yaitu bagian molekul obat yang dapat memberikan aksi farmakologi. Respons biologis merupakan akibat interaksi molekul obat dengan gugus fungsional molekul reseptor. Interaksi ini dapat berlangsung karena kekuatan ikatan kimia tertentu. Tipe ikatan kimia yang terlibat dalam interaksi obat reseptor antara lain adalah ikatan-ikatan kovalen, ion-ion yang saling memperkuat (reinforce ions), ion (elektrostatik), hidrogen, ion-dipol, dipol-dipol, van der Waal’s, ikatan hidrofob dan transfer muatan.
HapusBaik saya sangat setuju dengan lexsa , tambahan ikatan lainnya yaitu Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
HapusDalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi dari pada asam florida.
Baik saya sangat setuju dengan lexsa , tambahan ikatan lainnya yaitu Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
HapusDalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi dari pada asam florida.
Baik saya sangat setuju dengan lexsa , tambahan ikatan lainnya yaitu Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
HapusDalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi dari pada asam florida.
Jadi ikatan kimia yang terlibat sangat penting dalam identifikasi Farmakopor untuk memperoleh obat baru
HapusHii lexsaa, terimakasih sudah menulis, disini sya tertarik dengan pertanyaan no 1, mnrt artikel yg saya baca Identifikasi farmakofor
BalasHapusDapat dilakukan dengan Menentukan posisi 3D obat dengan target, kemudian Mengetahui gugus penting yg dapat terikat dengan reseptor, mengetahui konformasi aktif dari molekul, kemudian dilakukan perancangan obat sehingga identifikasi farmakofor Penting dalam hal menemukan obat baru
Lalu bagaimana mendapatkan dan mengetahui konfirmasi terbaik dari struktur yang terbentuk?
HapusJadi, kesimpulan farmakofor itu apa? Dan fungsi dia apa? Dan apa dampaknya jika tidak ada farmakopor tersebut?
BalasHapusBaik terimakasih, jadi secara lebih sederhananya farmakopore merupakan bentuk 3 dimensi dari molekul obat dengan struktur kimia , struktur ini biasa digunakan untuk merancang desain penemuan obat baru, dimana setiap obat akan memiliki struktur kimia berbeda,dan khas, jadi dengan diketahui struktur dapat dimodifikasi untuk mendapat efek yang lebih baik, karena dari struktur inilah dapat dilihat target obat pada reseptor. Dan apa dampaknya bila tidak ada farmakopore, berarti struktur dimensi obat tidak dapat diketahui dan sulit untuk dilihat target aksi obat menuju reseptor. Terimakasih ,mungkin ada tambahan?
BalasHapusHai lexsa tulisannya sangat bermanfaat.
BalasHapusKalo begitu apakah setiap molekul obat dengan Efek berbeda bisa memiliki pharmachopor yang sama?
Mungkin pertanyaan yang lebih tepatnya apakah molekul obat dengan pharmakopor sama dapat menghasilkan efek berbadan,Perlu diketahui jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda, karena Farmakopor biasanya dibrestruktur tetapi efektifitasnya menjadi berbeda. Terimakasih mohon koreksinya.
HapusGood. Bagus tulisan nya lexsa.
HapusDan saya juga sependapat dengan lexsa ,karna jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda, hal ini karena adanya gugus lain yang mengikat Farmakopor tersebut sehingga efek dapat berbeda
Good. Bagus tulisan nya lexsa.
HapusDan saya juga sependapat dengan lexsa ,karna jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda, hal ini karena adanya gugus lain yang mengikat Farmakopor tersebut sehingga efek dapat berbeda
Good. Bagus tulisan nya lexsa.
HapusDan saya juga sependapat dengan lexsa ,karna jika farmakofor nya sama ada kemungkinan aktivitas obat yang dimiliki sama tetapi keefektivannya biasanya berbeda, hal ini karena adanya gugus lain yang mengikat Farmakopor tersebut sehingga efek dapat berbeda
Terimakasih telah menambahkan, jadi kesimpulannya aktivitas sama dapat menghasilkan efek berbeda ini ditujukan untuk pengembangan obat, salah satunya untuk meningkatkan efek terapi obat dan mengurangi efek sampingnya, m
HapusWaw... Keren artikelnya dan sangat bermanfaat.. Saya tertarik untuk menjawab pertanyaan nomor 2,jawabannya
BalasHapusHubungan konfirmasi aktif dengan struktur 3 dimensi farmakopore Menurut saya konformasi aktif yang stabil akan membentuk struktur 3 dimensi yang stabil. Dimana pengertian dari konformasi sendiri merupakan penataan ruang dari atom-atom dalam molekul. Sehingga bila tata ruang atom-atom tersebut stabil maka struktur 3 dimensinya juga akan stabil.
Terimakasih telah berkunjung dan menjawab, jadi kesimpulannya konfirmasi dengan struktur berada pada titik kestabilan dalam artian harus stabil.
HapusAssalamu'alaikum leksa ,artikelnya bermanfaat,
BalasHapusSaya mau bertanya Mengapa metode rapid baik digunakan untuk mengidentifikasi farmakofor?
Karena rapid termasuk ke dalam cara untuk mengidentifikasi suatu desain obat yang di dalamnya mencakup kimia komputasi, metode kimia komputasi telah dikembangkan dan banyak digunakan untuk pengembangan hipotesis farmakologi dan pengujian. Sehingga masalah identifikasi Farmakopor dapat ditangani.
HapusSaya ingin menambahkan jawaban dari lexsa. Keuntungan metode RAPID akan menggambarkan upaya dalam membuat prototipe sistem perangkat lunak yang terintegrasi, yang disebut RAPID (Randomized Pharmacophore Identification for Drug design) untuk mengatasi identifikasi farmakofora pada desain pembuatan obat baru
HapusTambahan, metode rapid sangat banyak digunakan dalam penemuan obat dan dalam medis, selain itu metode rapid juga dapat digunakan untuk menganalisis seseorang menggunakan narkoba,
HapusWah bermanfaat sekali artikelnya saya jadi mengetahui tentang farmakofor 😊
BalasHapusSalah satu metode farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor, tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut.
BalasHapusHai lexsa...
BalasHapusPostingannya bermanfaat sekali,, saya coba jawab soal no 1:
Untuk mengidentifikasi suatu kromofor dapat dilakukan dengan cara yang pertama itu menentukan posisi 3D antara obat dan target, kemudian mengetahui gugus penting yang dapat terikat dengan reseptor untuk mengetahui konformasi aktifnya, barulah kemudian dapat dirancang suatu obat yang memiliki efek farmakologis yang diinginkan..
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusjawaban no 4 . Dengan memperhatikan fitur dari farmakofor itu sendiri, yaitu :
BalasHapusHBA (Hydrogen Bond Acceptor), HBD (Hydrogen Bond Donor),Hidrofobik, Cincin Aromatik. Terima kasih
Hi lexsa
BalasHapusAda contohnya Farmakopor Tamoxifene dan
Raloxifene memiliki efek pada hormon estrogen
saya akan menjawab pertanyaan nomor 1 : menurut artikel yang saya baca berbagai metode berbasis ligan dan berbasis struktur telah dikembangkan untuk permodelan farmakofor yang lebih baik dan telah berhasil dan diterapkan luas. Fitur pendekatan farmakofor ini diharapkan dapat memperkecil waktu dan biaya dalam penemuan dan perkembangan obat baru. Fitur khas pada farmakofor yaitu : sentral hidrofobik, cincin aromatik, akseptor atau donor hidrogen, kation dan anion.
BalasHapusTerimakasih telah berkunjung, tambahan , disebutkan fitur khas , bagaimana pengaruh fitur khas pada Farmakopor ?
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusWah bermanfaat sekali kak, saya tertarik untuk mnjawab nomor 5. Dari sumber yang saya baca , selain menggunakan metode rapid ini ada beberapa metode lain yang dapat kita gunakan dalam penentuan desain obat salah satunya dengan metode QSAR yang mempelajari hubungan kuantitatif struktur dan aktifitas dari senyawa obat itu sendiri.
BalasHapusSaya sangat setuju dengan pendapat indah, dari sumber yang saya baca Analisis QSAR tiga dimensi (3D) dikembangkan sebagai antisipasi permasalahan pada analisis Hansch, yaitu senyawa-senyawa enantiomer yang memiliki kuantitas sifat fisikakimia yang sama, tetapi memiliki aktivitas biologis yang berbeda. Ternyata diketahui bahwa efek stereokimia memegang peranan penting pada harga aktivitas biologis obat.
HapusTerimakasih jawaban kalian sangat membantu, apa kelebihan analisis qsar dibandingkan dengan rapid?
HapusMaterinya sudah cukup bagus namun tolong sertakan jurnal nya juga ya lexa
BalasHapusTerimakasih, namun artikel ini saya ambil dari jurnal, silahkan dilihat jurnalnya pada dapus
HapusBagus banget kak artikelnya,sangat bermanfaat memberikan pengetahuan baru yang sangat berguna
BalasHapusHaii lexsa kk akan mencoba menjawab pertanyaan Nomor 5 yaitu Docking Molekuler
BalasHapusPendekatan yang digunakan adalah semi rigid,
dimana struktur protein dibuat rigid sedangkan ligan
fleksibel. Metode pendekatan ini akan memberikan
kemungkinan interaksi dalam berbagai konformasi
ligan sehingga memungkinkan untuk mendapatkan
hasil yang terbaik. Jumlah bentuk konformasi yang
memungkinkan sesuai dengan banyaknya ikatan
rotatabel yang ada
Terimakasih atas jawabannya, tetapi untuk metode docking sendiri apa kelebihan nya dibandingkan metode rapid?
HapusHaii lexsa kk akan mencoba menjawab pertanyaan Nomor 5 yaitu Docking Molekuler
BalasHapusPendekatan yang digunakan adalah semi rigid,
dimana struktur protein dibuat rigid sedangkan ligan
fleksibel. Metode pendekatan ini akan memberikan
kemungkinan interaksi dalam berbagai konformasi
ligan sehingga memungkinkan untuk mendapatkan
hasil yang terbaik. Jumlah bentuk konformasi yang
memungkinkan sesuai dengan banyaknya ikatan
rotatabel yang ada
saya akan menjawab pertanyaan nomor 1 : menurut artikel yang saya baca berbagai metode berbasis ligan dan berbasis struktur telah dikembangkan untuk permodelan farmakofor yang lebih baik dan telah berhasil dan diterapkan luas. Fitur pendekatan farmakofor ini diharapkan dapat memperkecil waktu dan biaya dalam penemuan dan perkembangan obat baru. Fitur khas pada farmakofor yaitu : sentral hidrofobik, cincin aromatik, akseptor atau donor hidrogen, kation dan anion.
BalasHapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusAssalamualaikum wr wb
BalasHapusSaya akan menjawab nomor 4
menurut saya langkah langkah yang harus diambil dalam menentukan sentawa farmakofor adalah tahapan pertama adalah tahapan identifikasi dan produksi senyawa aktif baru yang disebut senyawa induk atau senyawa penuntun (lead compound). Senyawa tersebut dapat diperoleh dari sintesis kimia, isolasi sumber bahan alam atau dari proses bioteknologi.
Tahapan kedua adalah tahapan optimasi yaitu tahapan sintesis modifikasi senyawa induk agar diperoleh senyawa yang lebih poten. lebih selektif dan efek toksik yang minimal. Termasuk
tahapan ini adalah penentuan dan analisis hubungan struktur dengan aktivitas biologis senyawa-senyawa hasil modirlkasi.
Tahapan ketiga adalah optimasi proses sintesis dalamjumlah . besar senyawa terpilih dan modiilkasi untuk sifat farmakokinetik dan farmasetik agar menjadi lebih sesuai untuk pemakaian klinik. Termasuk tahapan ini adalah pembuatan formulasi agar absorpsi lebih baik, lebih larut dalam air ataupun untuk lepas lambat. Selain itu juga untuk menghilangkan beberapa sifat yang tidak menyenangkan bagi pasien seperti rasa yang tidak eilak, efek iritasi
lambung atau rasa sakit pada pember ian parenteral.
Apakah ada cara lain dalam desain penemuan obat selain farmakofor?
BalasHapusAda ,seperti pada komentar teman2 sebelumnya beberapa metode yang digunakan yaitu metode docking , analisis qsar dan HKSA Hans yaitu dengan pemodelan komputer,
Hapus.saya setuju dengan pendapat Roli, dimana Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi protein dan ligan yang optimal. Docking membantu dalam mempelajari obat / ligan atau interaksi reseptor / protein dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan geometri terbaik dari kompleks ligan –reseptor.
BalasHapusHallo lexsa. Terima kasih materi tntg RAPIDny. Membantu sekali saya dlm mengerjakan tugas :)
BalasHapusTerimakasih sudah berkunjung, ada pertanyaan dari blog saya?
HapusHallo lexsa, farmakofor ini di ekstrak dri tanaman apa?
BalasHapusBagian apa yg akan d ambil dri tanaman tersebut?
Kalo bukan tanaman, bahan apa yg bisa d gunakan untuk farmakofor?
Baik, jadi perlu dipahami lagi bahwa farmakopor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis, contohnya pada obat yang paling umum parasetamol nah pada parasetamol terdapat cincin Benzen aromatik dan amin atau disebut juga p aminofenol nah inilah yang akan berikatan dengan reseptor pada tubuh kita, parasetamol mengalami reaksi deasetilasi dengan asam arachidonat membentuk N-arachidonoylfenolamin, komponen yang dikenal sebagai zat endogenous cababinoid.
HapusAdanya N-arachidonoylfenolamin ini meningkatkan kadar canabinoid endogen dalam tubuh, disamping juga menghambat enzim siklooksigenase yang memproduksi prostaglandin dalam otak. Sehingga akan memiliki respon.
Jadi setiap obat dapat memiliki farmakopore. Dan tanaman yang berkhasiat sebagai obat biasanya memiliki senyawa identitas (senyawa spesifik) senyawa ini nantinya dapat kita analisis strukturnya dan site yang berinteraksi dengan target, sehingga nantinya dapat dibuat struktur 3d yang disebut Farmakopor. Semoga membantu.
konformasi aktif di adopsi dari suatu obat ketika terikat dengan site target. Identifikasi konformasi aktif melalui farmakofor 3D. Disini konformasi yang diharapkan adalah konformasi yang stabil.
BalasHapusCoba menjawab pertanyaan no 2 ya kak😊. Menurut kami konformasi aktif yang stabil akan membentuk struktur 3 dimensi yang stabil. Dimana pengertian dari konformasi sendiri merupakan penataan ruang dari atom-atom dalam molekul. Sehingga bila tata ruang atom-atom tersebut stabil maka struktur 3 dimensinya juga akan stabil. Mohon koreksinya kak.Terimakasih kak😊🙏
BalasHapusjadi menurut anda sebenarnya bagaimana cara penentuan obat mulai dari awal hingga ditemukan suatu senyawa yang dapat digunakan untuk membuat obat?
BalasHapusTerimakasih jadi penentuan dari awal adalah penentuan senyawa penuntun lalu dilihat struktur 3 d dan kemudian sure mana yang bereaksi lalu dilihat efek dari site tambahan , dan dilanjutkan analisis sampai uji klinis dan oreklinins
HapusHay lexsa.. Saya akan coba jawab, semoga benar. Salah satu metode farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya.
BalasHapuskonformasi aktif di adopsi dari suatu obat ketika terikat dengan site target. Identifikasi konformasi aktif melalui farmakofor 3D. Disini konformasi yang diharapkan adalah konformasi yang stabil
BalasHapusmaaf kalo salah :)
jawaban no 2
BalasHapusKetika target dan sistem pengujian telah ditentukan, selanjutnya adalah menemukan leadcompound dimana merupakan senyawa yang menunjukkan aktivitas pengobatan. Tingkataktivitas mungkin tidak begitu besar dan adanya efek samping yang tidak diinginkan, tetapisenyawa utama ini dapat mengawali sebuah proses pengembangan suatu obat. Ada beberapa carauntuk menemukan senyawa utama ini, antara lain:
1. Penyaringan dari bahan-bahan alam
2. Cerita-serita pengobatan
3. Penyaringan “bank” sintesis
4. Obat yang telah ada
5. Mengawali dari ligan alami atau modulator
6. Sintesis kombinasi
7. Desain dengan bantuan komputer
8. Fakta-fakta ilmiah dan pemikiran
9. Pencarian data struktural menggunakan komputer
10. Mendesain senyawa utama dengan NMR
Terimakasih jawaban nya sangat baik sekali jadi hal utama yang harus dilakukan adalah penentuan target analisa, selanjutnya penentuan senyawa penuntun untuk melihat aktifitas lalu barulah pengembangan atau modifikasi sampaibmenjadi suatu bentuk obat baru.
HapusArtikel yang sangat bermanfaat Lexsa. Terimakasih :)))
BalasHapusApa ada pertanyaan untuk tulisan saya?
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapussaya akan mncoba mnjwb pertanyaan nmr 1
BalasHapusmnrt artikel yg saya baca Identifikasi farmakofor
· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
Sangat bermanfaat. Terima kasih kak
BalasHapusHubungan konfirmasi aktif dengan struktur 3 dimensi farmakopore Menurut saya konformasi aktif yang stabil akan membentuk struktur 3 dimensi yang stabil. Dimana pengertian dari konformasi sendiri merupakan penataan ruang dari atom-atom dalam molekul. Sehingga bila tata ruang atom-atom tersebut stabil maka struktur 3 dimensinya juga akan stabil. Mohon koreksinya. Terimakasih
BalasHapusTerimakasih atas jawabannya, adakah contoh ketidakstabilan dari konfirmasi yang menyebabkan struktur menjadi tidak stabil?
HapusTerimakasih :)
BalasHapushay lexa. pemaparan yang sunguh baik.. apakah contoh suatu lead compund yang dapat dikembangkan menjadi obat baru mengunakan parmakoper?
BalasHapusContoh lead compound atau senyawa penuntun bisa ditemui pada tumbuhan ,hewan mikroba dan lainnya, contoh lead compound salah satu nya adalah kumarin yang dikembangkan menjadi warfarin dan berkhasiat sebagai antikoagulan , selain itu senyawa kokain yaitu pada daun koka dikembangkan menjadi procain dan berkhasiat sebagai anestesi lokal.terimakasih , mohon koreksinya.
HapusAssalamualaikum,,hay lexsa
BalasHapusDian akn mncba mnjawab soal nmr 5
Dimna Salah satu metode lain farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor, tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu dapat dilihat melalui aplikasi LigandScout yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul. Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul (tanpa ligan)
Terimakasih atas jawabannya, jadi dapat dengan mengimpor atau menggabungkan molekul aktif pada obat lalu menelaah ikatan yang terjadi, apakah ikatan initermasuk salah satunya ikatan kimia seperti ikatan hidrogen ion dan gaya Van serta wals?
HapusAssalamualaikum,,hay lexsa
BalasHapusDian akn mncba mnjawab soal nmr 5
Dimna Salah satu metode lain farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor, tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu dapat dilihat melalui aplikasi LigandScout yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul. Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul (tanpa ligan)
Terimahkasih kak
BalasHapusIni sangat membantu😊😊😍
Terimakasih telah berkunjung, adakah pertanyaan untuk blog saya?
HapusHi lexsa..
BalasHapusjawaban no 5
Ada salah satunya
HKSA Merupakan metode untuk membuat suatu hubungan antara struktur dan aktifitas dari berbagai deskriptornya. Deskriptor-deskriptor Fisikokimia meliputi beberapa parameter termasuk hidrofobisitas atau lifopilisitas, topologi, elektronik dan sterik, yang dilakukan secara empirik atau yang lebih baru dengan metode komputasi. HKSA digunakan dalam pengukuran aktivitas bahan kimia dan pengujian biologis. HKSA sekarang diterapkan dalam berbagai disiplin ilmu dengan banyak menyinggung kedesain obat dan penilaian resiko lingkungan.
Terimakasih telah menjawab, metode HKSA memang sering digunakan, karena penggunaan nya mudah dan menggunakan alat,
Hapushy lexsa, saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 3, dimana contohnya adalah morfin, adapun beberapa analog dari morfin berupa metazocine dan levorphanol/antalgin yang dapat digunakan sebagai analgetik atau penghilang rasa sakit. semoga bermanfaat :)
BalasHapusGugus apa saja yang terikat pada senyawa tersebut?
Hapusterimakasih lexsa,materinya sangat bermanfaat dan sangat membantu saya dalam mengerjakan tugas.
BalasHapusMau nanya dong lexsa hal-hal apa saja sih yang harus diperhatikan dalam penggunaan metode rapid ini?
Hal pertama yang harus diperhatikan dalam penggunaan metode ini adalah pemilihan senyawa penuntun yang digunakan, kemudian hal lainnya adalah teknik dalam penggunaan dan struktur dari senyawa obat yang disintegrasi.
HapusHai leksa
BalasHapusIlmu ya sangatvbermanfaat sekali.saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 3, dimana contohnya adalah morfin, adapun beberapa analog dari morfin berupa metazocine dan levorphanol/antalgin yang dapat digunakan sebagai analgetik atau penghilang rasa sakit. semoga bermanfaat
Jadi senyawa awalnya morfin, Lalu struktur nya dikembangkan sehingga didapat metazocine sebagai analgesik? Apakah demikian?
HapusHai lexsa
BalasHapusPenjelasannya sangat membantu
Terimakasih :)
Terimakasih sudah berkunjung, apa ada pertanyaan untuk blog saya?
HapusHai lexsa, pemaparan yg sangat bermanfaat, saya mau bantu jawab nomor 1 ya, menurut saya cara Identifikasi farmakofor
BalasHapus· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
Terimakasih atas jawabannya, tambahan dalam penentuan digunakan lead compound, bagaimana langkah dalam menentukan lead compound?
Hapushay leksa, artikel anda sangat menarik sekali :)
BalasHapusTerimakasih sudah berkunjung, apa ada pertanyaan dari blog saya?
HapusHai lexsa, penjelasan sangat membantu, dan saya ingin menanyakan Selain identifikasi senyawa obat, sebutkan apasaja aplikasi lain dalam penggunaan metode rapid?
BalasHapusBaik saya sangat setuju dengan lexsa , tambahan ikatan lainnya yaitu Ikatan Hidrogen (Asam-Basa Lewis).
BalasHapusDalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi dari pada asam florida.
Terima kasih, menurut irhas manakah ikatan yang paling baik?
HapusAssalamualaikum lexsaaa, metode selain Farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling . Terimakasih:)))
BalasHapusTerimakasih atas jawabannya
HapusHai lexsa, saya akan menjawab pertanyaan nomor 1. Dapat dilakukan dengan Menentukan posisi 3D obat dengan target, kemudian Mengetahui gugus penting yg dapat terikat dengan reseptor, mengetahui konformasi aktif dari molekul, kemudian dilakukan perancangan obat sehingga identifikasi farmakofor Penting dalam hal menemukan obat baru
BalasHapusTerimakasih atas jawabannya, jadi dapat digunakan metode docking
HapusHii lexsaa, terimakasih sudah menulis, disini sya tertarik dengan pertanyaan no 1, mnrt artikel yg saya baca Identifikasi farmakofor
BalasHapusDapat dilakukan dengan Menentukan posisi 3D obat dengan target, kemudian Mengetahui gugus penting yg dapat terikat dengan reseptor, mengetahui konformasi aktif dari molekul, kemudian dilakukan perancangan obat sehingga identifikasi farmakofor Penting dalam hal menemukan obat baru
Terimakasih, selain konfirmasi aktif ditentukan juga site tambahan dimana site ini biasanya harus dibuat stabil dan dapat diubah terimakasih
HapusMaterinya sangat bermanfaat dan membantu saya dalam belajar. Terimakasih😁🙏
BalasHapusTerimakasih kembali
HapusKalo bisa dibantu nih kak, sebenarnya rapid dan farmakopor tu bedanya dimana ya? Biar lebih paham hehe, btw artikelnya kerenn
BalasHapusFarmakopore adalah bentuk struktur 3d nya sedangkan rapid adalah metode identifikasi nya, terimakasih
HapusMaterinya sangat bermanfaat dan membantu saya dalam belajar. Terimakasih😁🙏
BalasHapusTerimakasih telah berkunjung
HapusArtikel nya bagus dan sangat membantu sya
BalasHapusMaterinya sangat membantu
BalasHapusMateri nya sangat bermanfaat, makasih
BalasHapusSelain dengan menggunakan RAPID test adakah identifikasi selain itu?
BalasHapusHai kak leksa. Terimakasih untuk materinta
BalasHapusMenurut sata dalan menemukan gugus farmakofor penting (gugus fungsi), yaitu bagian molekul obat yang dapat memberikan aksi farmakologi. Respons biologis merupakan akibat interaksi molekul obat dengan gugus fungsional molekul reseptor. Interaksi ini dapat berlangsung karena kekuatan ikatan kimia tertentu. Tipe ikatan kimia yang terlibat dalam interaksi obat reseptor antara lain adalah ikatan-ikatan kovalen, ion-ion yang saling memperkuat (reinforce ions), ion (elektrostatik), hidrogen, ion-dipol, dipol-dipol, van der Waal’s, ikatan hidrofob dan transfer muatan.